HTMLファイルは、Shift-JISだけど、JSはUTF-8の場合

<script src="js/jquery.js" charset="utf-8"></script>

script のcharsetを指定すればよい。

これを書かないと、jQueryが動作しないことがあるので、UTF-8以外のHTMLからの読み込みには注意しよう。